El periodo Kamakura ( 1185 - 1333 )
Los Taira y los Minamoto libraron una batalla decisiva por la supremacía, la guerra gempei, que duró desde 1180 a 1185. Al final de esta guerra los Minamoto fueron capaces de poner fin a la supremacía Taira, y Minamoto Yorimoto se convirtió en el líder de Japón. Después de eliminar a todos sus potenciales enemigos, incluyendo a miembros de su familia, fue nombrado shogun y estableció un nuevo gobierno en su ciudad natal de Kamakura, el Kamakura bakufu. Tras la muerte de Yorimoto en 1199, comenzaron de nuevo las disputas por la supremacía entre el gobierno de Kamakura y la corte imperial en Kyoto. Estas disputas finalizaron con los Disturbios de Jokyu en 1221, cuando Kamakura derrotó al ejército imperial en Kyoto y los regentes Hojo en Kamakura consiguieron el control absoluto de Japón. Redistribuyendo la tierra ganada durante los disturbios Jokyu, fueron capaces de conseguir la lealtad de la gente poderosa de todo el país.
La influencia China continuó siendo relativamente fuerte durante el periodo Kamakura. Se introdujeron nuevas sectas budistas: la secta Zen (introducida en 1191) encontró un gran número de seguidores entre los samurai que ahora eran la clase social dominante. En 1232 se promulgó un código legal, el Joei Shikimoku. Ponía especial énfasis en los valores confucianistas tales como la lealtad al maestro, y generalmente intentaba suprimir un declive de la moral y la disciplina. Se mantuvo un fuerte control por parte del clan Hojo, y cualquier signo de rebelión era destruido de inmediato. Posteriormente las consecuencias de muchos años de preparaciones para la guerra contra los mongoles fueron fatales para el gobierno de Kamakura, puesto que ocasionaron únicamente gastos sin ningún beneficio. Muchos de los hombres leales que combatieron para Kamakura estaban ahora esperando recompensas que el gobierno no podía pagar. Por lo tanto, entre las razones que explican la caída del gobierno Kamakura encontramos los problemas financieros y la decreciente lealtad entre los señores más poderosos.
En el año 1333 el poder de los regentes Hojo había decaído hasta tal punto que el emperador Go-Daigo fue capaz de restaurar el poder imperial y derrocar el Bakufu de Kamakura. Ashikaga Takauji que en otro tiempo combatió junto al emperador, ahora desafiaba a la corte imperial y logró capturar Kyoto en 1336. Como consecuencia, Go-Daigo huyó a Yoshino al sur de Kyoto donde fundó la corte del Sur.
El periodo Muromachi ( 1338 - 1573 )
En 1338 Takauji se nombró a sí mismo shogun y estableció su gobierno en Kyoto. El distrito Muromachi, donde se situaron los edificios del gobierno desde 1378, le dio el nombre tanto al gobierno como a este periodo. En Japón existieron dos cortes imperiales durante más de 50 años: la corte del Sur y la corte del Norte, que combatieron en muchas batallas la una contra la otra. La corte del Norte estaba normalmente en una posición más ventajosa, sin embargo, la corte del Sur consiguió capturar Kyoto varias veces durante cortos periodos de tiempo, lo que resultó en la destrucción de la capital de forma periódica. La corte del Sur se rindió finalmente en 1392 y el país volvió a estar unificado bajo un único emperador.
Durante los siglos XV y XVI, la influencia de los shogun Ashikawa y del gobierno de Kyoto fue decayendo hasta quedarse en prácticamente nada. Los nuevos políticos del periodo Muromachi eran miembros de familias militares poseedoras de tierras (ji-samurai). Cooperando con los jefes de las provincias, algunos de estos políticos consiguieron tener cierta influencia sobre provincias completas. Estos nuevos señores feudales se llamaban daimyo. Los daimyo ejercían el control real sobre las distintas regiones de Japón y lucharon continuamente unos contra otros durante varias décadas en la complicada era de las guerras civiles (Sengoku jidai). Algunos de los señores más poderosos eran Takeda, Uyesugi y Hojo en las regiones del este, y Ouchi, Mori y Hosokawa en las del oeste.
En 1542 los primeros mercaderes portugueses y misioneros jesuitas llegaron a Kyushu e introdujeron en Japón las armas de fuego y el cristianismo. A mediados del siglo XVI varios de los mas poderosos señores de la guerra competían por el control de todo el país. Uno de ellos, Oda Nobunaga dio el primer gran paso hacia la unificación de Japón al conquistar Kyoto en 1568 y derrocar al gobierno Muromachi en 1573.
El periodo Azuchi-Momoyama ( 1574 - 1603 )
Oda Nobunaga consiguió el control sobre la provincia de Owari (en los alrededores de la actual ciudad de Nagoya) en 1559. Como otros muchos daimyo estaba interesado en unificar Japón. Situado en una posición estratégica favorable consiguió conquistar la capital en 1568. Nobunaga tuvo también bastante suerte en relación a dos de sus rivales más peligrosos del este: Takeda Shingen y Uyesugi Kenshin, ya que ambos murieron antes de que se pudieran enfrentar a Nobunaga. Tras la muerte de Shingen, Nobunaga derrotó al clan Takeda en la batalla de Nagashino (1575) haciendo uso de modernas técnicas de guerra.
En 1582 el general Akechi asesinó a Nobunaga y conquistó su castillo de Azuchi. Toyotomi Hideyoshi un general que combatía para Nobunaga reaccionó rápidamente derrotando a Akechi y tomando el control. Hideyoshi continuó eliminando al resto de sus rivales, dominando las provincias del norte y Shikoku en 1583 y Kyushu en 1587. Después de derrotar a la familia Hojo en Odawara el año 1590, Japón estaba por fin unificado. Para conseguir tener el control absoluto del país, Hideyoshi destruyó muchos castillos que se construyeron a lo largo y ancho del país durante la era de las guerras civiles. En 1558 confiscó las armas de todos los granjeros e instituciones religiosas en la llamada "caza de la espada". Prohibió a los samurai que ejercieran de granjeros y los obligó a trasladarse a las ciudades de los castillos, para de esta forma tener una distinción clara entre las clases que permitiera incrementar el control del gobierno sobre el pueblo. Además, se inició una inspección de las tierras en 1583 y se hizo un censo en 1590. En este mismo año se acabó el gran castillo de Hideyoshi, el castillo de Osaka. En 1587 Hideyoshi publicó un edicto para expulsar a los misioneros cristianos. No obstante, los franciscanos pudieron entrar en Japón en 1593 y los jesuitas se mantuvieron activos en el oeste. En 1597 Hideyoshi intensificó la persecución de los misioneros cristianos, prohibió las conversiones y ejecutó a 26 franciscanos como advertencia. Tras unificar el país, el siguiente objetivo de Hideyoshi era conquistar China.
El periodo Edo ( 1603 - 1867 )
Tokugawa Ieyasu, que había sido un aliado inteligente de Hideyoshi y Nobugawa sucedió a Hideyoshi como la persona más poderosa de Japón. En 1603 Ieyasu fue nombrado shogun por el emperador y estableció su gobierno en Edo (actual Tokyo). Ieyasu sometió a todo el país a un estricto control. Redistribuyó de manera muy inteligente entre los daimyo las tierras ganadas en los combates: sus leales vasallos (los que ya le apoyaban antes de Sekigahara) recibieron dominios estratégicamente más importantes. Ieyasu continuó promoviendo el comercio exterior, estableciendo relaciones con los ingleses y los holandeses. Por otro lado reforzó la supresión y persecución del cristianismo de 1614 en adelante. Después de la destrucción del clan Toyotomi en 1615 cuando Ieyasu conquistó el castillo de Osaka él y sus sucesores prácticamente no tenían rivales y la paz prevaleció durante el periodo Edo.
Los guerreros samurai se educaron no solo en las artes marciales, sino también en literatura, filosofía y otras artes, como por ejemplo la ceremonia del té. En 1633 el shogun Iemitsu prohibió los viajes al exterior y aisló casi completamente a Japón en 1639. También se prohibieron todos los libros extranjeros. A pesar del aislamiento, el comercio interior y la producción agrícola siguieron mejorando. Durante el periodo Edo y especialmente durante la era Genroku (1688-1703) floreció la cultura popular. Nuevas formas de arte, como el kabuki y el ukiyo-e se hicieron muy populares entre los habitantes de las ciudades. La filosofía más importante del Japón de los Tokugawa fue el neo-confucianismo, que acentuó la importancia de la moral, la educación y el orden jerárquico en el gobierno y en la sociedad. En el periodo Edo existía un estricto sistema de cuatro clases: en lo más alto de la jerarquía social se encontraban los samurai, seguidos por los campesinos, artesanos y mercaderes. A los miembros de cada clase no les estaba permitido cambiar su estatus social. Los parias, personas con profesiones que se consideraban impuras, formaron una quinta clase social.
En 1720 se levantó la prohibición sobre la literatura occidental y varias nuevas enseñanzas se introdujeron en Japón desde China y Europa. También se desarrollaron varias escuelas nacionalistas que combinaban el confucianismo y el shintoísmo. Aunque el gobierno Tokugawa permaneció bastante estable durante varios siglos, su posición fue decayendo progresivamente por varias razones: un empeoramiento constante de la situación financiera del gobierno condujo a elevar las tasas, lo que provocó rebeliones entre la población campesina. Además de esto, Japón experimentaba regularmente desastres naturales y años de hambruna que fueron la causa de rebeliones y más problemas financieros para el gobierno central y los daimyo. La jerarquía social comenzó a desmoronarse conforme la clase de los mercaderes creció progresivamente en poder mientras que algunos samurai comenzaron a depender financieramente de ellos. En la segunda mitad de esta era, la corrupción, la incompetencia y un declive de la moral dentro del gobierno originó mayores problemas.
Al final del siglo XVIII la presión externa comenzó a ser una materia cada vez más importante cuando los rusos intentaron establecer contactos comerciales por primera vez con Japón sin éxito. A estos les siguieron otras naciones europeas y los americanos en el siglo XIX. Fue eventualmente el comodoro Perry en 1853 y de nuevo en 1854 quien forzó al gobierno Tokugawa a abrir un número determinado de puertos para el comercio internacional. Sin embargo el comercio permaneció muy limitado hasta la restauración Meiji en 1868. La combinación de todos estos factores hizo crecer los sentimientos contrarios al gobierno y originó otros movimientos como la demanda de la restauración del poder imperial y sentimientos anti-occidente, especialmente entre los samurai ultraconservadores.
