Uno de los objetivos esenciales en la Bujinkan es estudiar estas tradiciones marciales a través de sus técnicas y filosofías con el fin de desarrollar eficaces hábitos y habilidades de protección y combate así como el fortalecimiento del cuerpo, la mente y el espíritu del practicante. En este Arte Marcial no existen las competencias deportivas, ya que se trata de desarrollar el conocimiento y las habilidades que le permitan fomentar en el practicante la conciencia de proteger al Ser Humano y no de confrontarlo. El entrenamiento en la Bujinkan está enfocado en el desarrollo de seres humanos integrales y con una plena maduración marcial a través de las antiguas tradiciones marciales japonesas.

El entrenamiento en la Bujinkan Dojo pone especial énfasis en en el desarrollo de las habilidades para la protección física,  sin embargo esto da pie a que paulatinamente el practicante tenga la oportunidad de familiarizarse con el desarrollo de otras habilidades y conocimientos que le permitan de igual forma proteger el aspecto mental y espiritual del ser humano.

De igual manera más allá de las mútiples técnias tradicionales de combate y protección que conforman el entrenamiento de la Bujinkan, la práctica en el dojo esta conformada también por el entrenamiento de distintas armas tradicionales que facilitan la maduración marcial del practicante, facilitandole el entendimiento progresivo de la "distancia". El Taijutsu es un método de protección eficaz basado en la libertad y naturalidad de los movimientos del cuerpo, se caracteriza por la eficiencia de sus técnicas como el resultado de la fuerza integral del movimiento integral. Cuando el cuerpo, la mente y el espíritu se encuentran en armonía en una sola conciencia conjunta de movimiento, se denomina a esto un estado ZANSHIN.

Bujinkan Hombu Dojo. Noda-shi, Japón